Après la dispersion de l’humanité, des civilisations entières se sont développées au-delà de l’Imperium connu.
Le Bene Gesserit, resté au centre, tente de maintenir l’ordre et la survie de la civilisation humaine. Mais la menace des Honorées Matriarches extrêmement violentes, ayant fui un ennemi inconnu – bouleverse tout l’équilibre. Elles détruisent planète après planète, et l’univers semble sur le point de replonger dans le chaos.
Les Honorées Matriarches menées par Murbella, incarnent le revers du Bene Gesserit. Avec la même maîtrise des corps, mais basée sur la domination sexuelle et la peur. Un pouvoir politique par la violence absolue. Et une mentalité de prédatrices issues d’un univers où elles étaient traquées par un ennemi monstrueux.
Le Bene Gesserit s’est replié sur Chapterhouse, planète où il tente de recréer un désert semblable à Dune pour faire renaître les vers des sables et l’épice. Il cherche à comprendre et à neutraliser les Honorées Matriarches.
Odrade tente une approche diplomatique et prépare Murbella qui avait été capturée à devenir une passerelle entre les deux factions.
Murbella subit un entraînement Bene Gesserit intensif. Elle développe leurs compétences tout en gardant son identité d’Honorée Matriarche.
Sheena, descendante Atréides, développe de très anciens dons Fremen devenus inconnus. Sa relation avec Duncan Idaho devient un enjeu clé : leur amour, mais aussi leur potentiel reproductif, représentent une fusion génétique et spirituelle possible entre les deux ordres.
Sous la direction de Sheeana, Chapterhouse est lentement transformée en désert, pour recréer un écosystème où de nouveaux vers des sables pourront vivre — et produire de l’épice. Ce projet est un pari existentiel : sans épice, le Bene Gesserit mourra.
Les Honorées Matriarches attaquent Chapterhouse. Odrade organise une contre-offensive risquée, se sacrifiant pour que Murbella puisse prendre le pouvoir.
Odrade est tuée par la Grande Honorée Matriarche, mais dans la confusion, Murbella tue cette dernière et prend sa place à la tête des deux organisations. Murbella devient la Mère Suprême du Bene Gesserit et des Honorées Matriarches réunies.
C’est une révolution totale : pour la première fois, l’univers féminin du pouvoir est unifié sous une seule dirigeante, à la fois douce et impitoyable. Elle hérite de la mémoire d’Odrade grâce à la cérémonie d’absorption post-mortem, ce qui la rend littéralement Odrade + Murbella + l’expérience collective des Sœurs. Mais elle sait qu’elle ne contrôle pas tout et que le vrai danger n’est pas les Matriarches, mais ce qui les a chassées.
Pendant ce temps, Duncan Idaho est enfermé, sous surveillance constante. Mais il échappe au contrôle grâce à ses dons. Il perçoit des signaux dans la no-sphère (l’espace informatique et mental que l’humanité utilise pour stocker la mémoire collective). Il communique avec un mystérieux couple de Mentats ou d’entités cachées à bord du no-ship (le vaisseau indétectable où il vit). On comprend qu’il voit les forces derrière la Dispersion, et que l’ennemi qui a fait fuir les Honorées Matriarches n’est pas humain — ou plus tout à fait.
Ces entités semblent observer Duncan et Sheeana. Herbert laisse planer l’idée qu’elles pourraient être une forme d’intelligence ancienne, peut-être les machines pensantes, ou quelque chose d’encore plus complexe.
Duncan, Sheeana, Teg et plusieurs fidèles s’échappent à bord du no-ship Ithaca.
Ils emportent des vers des sables miniatures, qui contiennent la clé de la renaissance de l’épice et du futur de l’humanité. Ils partent vers l’inconnu, là d’où les Honorées Matriarches sont revenues. C’est un exil, mais aussi un acte d’espoir : ils symbolisent une humanité capable d’échapper au cycle du contrôle religieux, politique ou biologique.
Duncan devient la clé du futur. Avec ses mémoires accumulées, il est la clé et le réel élu. Il est la seule conscience capable d’anticiper les pièges du pouvoir et de l’évolution.
Le couple observateur (le vieux et la vieille qui apparaissent à la fin) reste un mystère complet. Ils semblent omniscients, presque divins. Herbert laisse volontairement flou
S’agit-il d’anciennes machines ? de projections mentales ? d’esprits des Atréides ? C’est le plus grand non-dit du roman, laissé pour le tome 7 qu’il n’a pas eu le temps d’écrire.